במשך עשרות שנים ענף החלב בישראל נשלט על ידי תכנון ממשלתי הדוק, שבאמצעותו המדינה קובעת: כמה חלב ייוצר, מי ייצר אותו, כמה מותר לייבא, באיזה מחיר הוא יימכר למחלבות ובאיזה מחיר לצרכן. התוצאה של תכנון מקיף זה היא מחירי חלב מהיקרים בעולם המפותח. לשם השוואה, לפי דו"ח של מבקר המדינה משנת 2003 בעוד המחיר הממוצע לליטר חלב באיחוד האירופי היה כדולר אחד (3.5 ₪ באותה שנה) המחיר בישראל היה כ־1.8 דולר (6.2 ₪) פער של 77%. לאחרונה משרד האוצר מגבש תוכנית חדשה לביטול תכנון זה במשק החלב. לפי התוכנית יבוטלו מכסות ייצור החלב לכל רפת, וכל רפת, קיימת או חדשה, תוכל לייצר את הכמות ללא הגבלה. במקביל המדינה תפעל לצמצום של ייצור החלב של הרפתות הקטנות והפחות יעילות, להן יש מכסות, עד הוצאתן מהענף. מחלבות אלה שכיום מייצרות כשני שליש מהחלב בישראל שהם כ־500 מיליון ליטר, הן בעיקר הרפתות הנמצאות במושבים ואת היתר מייצרות הרפתות הגדולות בקיבוצים.
יחד עם זאת, מחיר המטרה, זה שלפיו מחליטים בכמה ימכרו הרפתות את החלב למחלבות, עדיין יישאר, אבל ייקבע לפי הרפתות הגדולות, כשהרעיון הוא לנצל את היתרון לגודל. בגלל שברפתות הגדולות סך העלויות מתפרשות על כמות ייצור יותר גדולה, העלות הממוצעת ליחידה קטנה יותר. באופן כזה, מחיר המטרה יהיה נמוך יותר, מכיוון שהוא עצמו נקבע לפי העלות הממוצעת לייצור ליטר חלב ברפתות. כמות החלב שייצרו הרפתות הקטנות, תסופק על ידי הגדלת הייצור של הרפתות הגדולות הקיימות או רפתות גדולות חדשות שיוקמו או באמצעות יבוא, אך בכל מקרה המכסות יבוטלו.
כמעט באופן מידי, ועוד לפני שהתוכנית פורסמה במלואה, עלו שוב הקולות המוכרים שמתנגדים לכל שינוי, עם אותן טענות שגורות שחוזרות בכל דיון על פתיחת השוק. הנימוקים להתנגדויות נעים, כרגיל, בין הטיעון שלתכנון המרכזי ולפעילות הרפתות במתכונת הנוכחית אין קשר למחיר החלב, לבין הצורך להשאיר את המצב כמו שהוא בגלל הדאגה לביטחון המזון של המדינה. בעוד הטיעון הראשון מופרך מיסודו והקשר הישיר בין תכנון משק החלב בכל השלבים לבין המחירים המופקעים בישראל ברור (להרחבה לחצו כאן), הדאגה לביטחון המזון עלולה להישמע לרבים הגיונית, ומשרד החקלאות אפילו ניסה לחזק תחושה זאת כאשר שינה את שמו לפני כשנה למשרד החקלאות וביטחון המזון. למרות זאת, ההצדקה הזו אבסורדית לא פחות, וזאת מכמה סיבות: ראשית, יצרני המזון ויצרני החלב בפרט אינם יוצאי דופן בהקשר הזה, בהיותם תלויים לחלוטין ביבוא על מנת להמשיך לייצר. המספוא לדיר, למשל, מיובא בחלקו הגדול עם תלות מוחלטת ביבוא תירס, הדגן העיקרי של מספוא בעולם, או ביבוא של כלים מכניים חקלאיים, חלקי חילוף ועוד. שנית, לישראל אין יכולת לספק את כל התוצרת החקלאית ולכן היא מייבאת מזון, גם מוצרים שמלכתחילה היא מגבילה. על אבקת חלב למשל יש מכס בשיעור 212% חוץ ממכסה של 1,000 טון אך בכל שנה כמעט כאשר מתברר כי המכסה והייצור המקומי לא עומדים בביקוש מתירים לייבא בצו זמני, עוד כמות מעל למכסה המקורית ותופעה דומה מתרחשת בחלב הניגר. יתרה מכך, גם ארגון ה־OECD, מזהיר במשך שנים כי שיטת תכנון משק החלב בישראל לא יעילה, יוצרת עיוותים. בשילוב הגידול באוכלוסיית ישראל המשך השיטה הקיימת עשויה לגרום בעתיד למחסור בחלב.
לאור אלה ברור כי שינויים במשק החלב בישראל מתבקשים באופן דחוף. התוכנית החדשה של משרד האוצר, למרות התנגדויות הצפויות, מציעה מסלול הגיוני לשיפור המצב – צמצום התכנון המרכזי, ביטול מכסות הייצור, והעברת הענף לפעילות מבוססת יעילות כלכלית. האלטרנטיבה לשינוי זה היא המשך מחירי חלב מהיקרים בעולם המפותח, ובטווח הארוך גם מחסור בחלב.
